Ich habe noch mal gründlich gesucht, und den Grund für die überschriebene asound.conf gefunden. Ursache war ein Fehler in der initialen Soundkarten Konfiguration. Diese sollte immer dann ausgeführt werden, wenn sich etwas an den Soundkarten ändert. Aufgrund des Fehlers wurde die asound.conf aber bei jedem Booten neu erstellt, sofern im Setup keine Soundkarte ausgewählt wurde.
Mit dem Update des alsa-init Paketes ist der Fehler behoben.