wie schaltest Du den PC aus, nachdem Du den Timer gesetzt hast?
Was steht in der /etc/rc.shutdown nachdem Du den Timer gesetzt und den PC wieder eingeschaltet hast (auf welche Zeit hast Du den Timer gesetzt)?
Du kannst in der rc.config unter POWEROFF_LAST_CMD ein "sleep 100" eintragen. Dann wartet das System beim poweroff 100 Sekunden, in denen Du auf Konsole 2 nachschauen kannst was in der /etc/rc.shutdown steht, und ob das Korrekt im BIOS eingetragen wurde.
Claus