Hm, das verstehe ich jetzt nicht. Bei einem Upgrade auf die 5.1 hätte es auch ein upgrade des lirc Paketes geben müssen, welches diese Zeile an die config.txt anhängt:
dtoverlay=lirc-rpi
Jedenfalls, sofern das lirc-gpio bereits vor dem Upgrade über das Webif aktiviert wurde.
Welche Version hat Dein lirc Paket?
Claus