Problem ist, das auch der dhcp Dienst die Datei verändert. Beide löschen derzeit alle Nameserver Einträge und packen Ihre eigenen hinein. Es fehlen also anschließend die jeweils anderen Nameserver Einträge. Das mag ja 99.9% aller User egal sein, weil diese nur einen Nameserver im Netz haben, bzw. auf einen externen verweisen, aber in Deinem Fall macht das Probleme.
Der DHCP Dienst kann auch im laufendem Betrieb die Nameserver Einträge ändern, und ich gehe davon aus, das auch der avahi im laufenden Betrieb Änderungen vornehmen kann. Dadurch weiß man nie, wer von beiden die Einträge zuletzt erstellt haben wird.
Deshalb muss eine Lösung her, welche die Einträge des jeweils anderen Dienstes nicht verändert.
Claus