An deiner Stelle würde ich - wenn vorhanden - versuchsweise eine andere FB in der FLIRC Software anlernen. Zumindest die VDR relevanten Tasten. Meistens liegen ja mehrere FB in einem Haushalt herum.
Mir scheint, dass das Problem in einer unglücklichen Kombination von FLIRC und deiner FB liegt.
Oder noch so ein Gedanke: Kannst du die FLIRC Software auf einem Windows oder Apple Rechner probieren?
Bei mir hat das anlernen von drei verschiedenen FB unter Apple immer funktioniert. (Harmony mit KLS, Streamzap, irgendeine Medion FB)
Nachtrag: Wenn der VDR mit einer angeschlossenen Tastatur alle relevanten Befehle richtig ausführt, liegt dein Problem nicht an deiner MLD Installatin - denn FLIRC ist nicht anderes als eine Tastatur.