Hast Du auch den "sync" ausgeführt, bevor Du die SD-Karte herausgezogen hast. Ich hatte auch schon mal Probleme wenn ich die Karte nicht einfach herausgezogen habe, sondern im Dateimanager das Auswerfen gemacht hatte.
Also nach dem dd auch den sync ausführen, und danach die Karte einfach herausziehen.
Claus