Problem gelöst.
Der Haken liegt in der Option Einstellungen -> Sonstiges -> 'Kanalnamen mit Quelle anzeigen'
Wenn diese eingeschaltet ist, Wird zusätzlich zum Sendernamen auch die Signalquelle (also z.B. nicht nur 'ARD ' sondern 'ARD (S19.2E)') angezeigt.
Dadurch bekommt die Skinverwaltung die Zuordnung des Kanalnames zu Logo nicht mehr hin, da diese nicht mehr übereinstimmen.
Es wird also wohl nicht der gespeicherte Sendername verwendet, sondern der angezeigte (in diesem Fall der mit der Quelle).
Lösung: Die Kanallogos nicht mehr nach Kanalnamen benennen, sondern nach Kanal-ID.
Geht, ist aber wesentlich unintuitiver und mit mehr Arbeit verbunden als andersrum.
HTH.
P.S. Wie kann man denn den Threadtitel auf 'gelöst' setzten, damit es für andere schneller erkennbar ist?
(der 'Thema gelöst' Button bewirkt anscheinend nichts.)