Eventuell läuft irgendein Dienst, der das abschalten verhindert. Falls das so ist, sollte das auf Konsole 1 zu erkennen sein, denn dort landen die Meldungen vom Ausschalten.
Das /etc/init.d/rc.poweroff Script schaltet den RPI aber nicht ab, sondern bereitet das Ausschalten nur vor.
Claus