Wieso die asound.conf bei Dir bei einem Reboot überschrieben wird, weiß ich nicht. Es gibt keine Funktion in der MLD, die so etwas macht. Du kannst ja mal versuchen, ob es hilft, wenn Du der Datei die Schreibrechte entziehst, nachdem Du die angepasst hast: chmod 0444 /etc/asound.conf
Interessant wäre auch der Zeitpunkt wann die zurück geändert wird, also beim herunter fahren oder beim booten: "ls -l /etc/asound.conf" vor und nach dem Reboot vergleichen, und mit der "date" Ausgabe vergleichen.
Nach dem Ändern der asound.conf musst Du den VDR Dienst, und nicht nur die VDR App neu starten, damit sich dies auf die VDR Ausgabe auswirkt.